Métodos de Ensino
Aulas teóricas: Apresentação de novos conceitos, problemas e métodos de otimização/análise de dados
Aulas práticas: Aplicação dos conhecimentos, pesquisa e análise de informação e aplicação de algoritmos de otimização e de aprendizagem automática a problemas da área.
Resultados de Aprendizagem
Nesta disciplina os alunos adquirem conhecimentos sobre a área da Bioinformática, tomando contacto com problemas relevantes da área da biologia que são resolvidos através da aplicação de diferentes técnicas computacionais.
A disciplina apresenta as principais ferramentas disponíveis através de acesso web, como por exemplo bases de dados contendo informação sobre o genoma de diversas espécies e aplicações computacionais para manipular os dados armazenados.
Uma componente importante da disciplina incidirá sobre a aplicação de algoritmos de otimização e de análise de dados a problemas reais da área da Bioinformática.
Programa
1. Introdução à Bioinformática
1.1. Objetivos da bioinformática
1.2. Relevância da bioinformática
1.3. Exemplos de problemas
2. Bioinformática na Web
2.1. Bases de dados on-line: Acesso, pesquisa e recolha de informação
2.2. Aplicações computacionais on-line
3. Alinhamento de sequências
3.1. Medidas de semelhança
3.2. Tipos de alinhamento
3.3. Alinhamento de par vs. Alinhamento múltiplo
4. Filogenia
4.1. Construção e análise de árvores filogenéticas
4.2. Métodos de parcimónia máxima vs. métodos de máxima verosimilhança
4.3. Aplicação de algoritmos de clustering na determinação de relações filogenéticas
5. Bioinformática estrutural
5.1. Níveis estruturais das proteínas
5.2. Folding de proteínas
5.3. Ferramentas para visualização e análise estrutural
5.4. Previsão da estrutura de proteínas
Docente(s) responsável(eis)
Estágio(s)
NAO
Bibliografia
A. Lesk (2020). Introduction to Bioinformatics, (5th Edition), Oxford University Press.
A. D. Baxevanis, G. D. Bader, D. S. Wishart (Editors) (2020). Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (4th Edition). Wiley.
P. Compeau, P. Pevzner (2018). Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach (3rd Edition). Active Learning Publishers.
J. M. Claverie, C. Notredame (2007). Bioinformatics for Dummies, Wiley Publishing.