Conhecimentos de Base Recomendados
Conhecimentos básicos de programação em Python, matemática e biologia.
Métodos de Ensino
Aulas Teóricas: As aulas teóricas serão utilizadas para apresentar os conceitos fundamentais. Serão suportadas por recursos audiovisuais, apresentações, e exemplos on-line práticos.
Aulas Práticas: As aulas de laboratório são de caráter prático e têm como objetivo permitir aos alunos aplicar os conceitos teóricos aprendidos nas aulas teóricas. Consistem em exercícios práticos em Python e na utilização de ferramentas computacionais disponíveis online.
Resultados de Aprendizagem
Nesta unidade curricular, os alunos adquirem conhecimentos na área da Bioinformática, tomando contacto com problemas relevantes da área da biologia que são resolvidos através da aplicação de diferentes técnicas computacionais.
A disciplina apresenta as principais ferramentas disponíveis através de acesso web, como por exemplo bases de dados contendo informação sobre o genoma de diversas espécies e aplicações computacionais para manipular os dados armazenados.
Uma componente importante da disciplina incidirá sobre a aplicação de algoritmos de otimização e de análise de dados a problemas reais da área da Bioinformática.
Programa
1. Introdução à Bioinformática
1.1. Objetivos da bioinformática
1.2. Relevância da bioinformática
1.3. Exemplos de problema
2. Bioinformática na Web
2.1. Bases de dados on-line: Acesso, pesquisa e recolha de informação
2.2. Aplicações computacionais on-line
3. Alinhamento de sequências
3.1. Medidas de semelhança
3.2. Tipos de alinhamento
3.3. Alinhamento de par vs. Alinhamento múltiplo
4. Filogenia
4.1. Construção e análise de árvores filogenéticas
4.2. Métodos de parcimónia máxima vs. métodos de máxima verosimilhança
4.3. Aplicação de algoritmos de clustering na determinação de relações filogenéticas
5. Bioinformática estrutural
5.1. Níveis estruturais das proteínas
5.2. Folding de proteínas
5.3. Ferramentas para visualização e análise estrutural
5.4. Previsão da estrutura de proteínas
6. Análise inteligente de dados para Bioinformática
6.1. Aplicações de métodos supervisionados e não-supervisionados a problemas da área da bioinformática
Docente(s) responsável(eis)
Francisco José Baptista PereiraEstágio(s)
NAO
Bibliografia
Lesk, A. (2020). Introduction to Bioinformatics, (5th Edition), Oxford University Press.
Jones, N., Pevzner, P. (2004). An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press.
Claverie, J. M., Notredame, C. (2007). Bioinformatics for Dummies, Wiley Publishing.